Высшим органом управления АО «Нефтегазисследование» является Общее собрание акционеров.

Наблюдательный совет, избираемый Общим собранием акционеров, осуществляет общее руководство деятельностью общества, определяет приоритетные направления деятельности, стратегию и перспективы развития, вырабатывает тактику и среднесрочные задачи, стоящие перед АО «Нефтегазисследование».

Руководство текущей деятельностью осуществляется коллегиальным исполнительным органом – Правлением, который организует контроль и выполнение решений, принимаемых Общим собранием акционеров и Наблюдательным советом.